Kostel svatého Mikuláše se nachází v Praze na Staroměstském náměstí. Byl přestavěn v barokním slohu v letech 1732–1737 stavitelem Kiliánem Ignácem Dientzenhoferem.
Dnešní kostel byl postaven na místě vyhořelého gotického farního kostela, který je zmiňován k roku 1273. Byla to bazilika v západním průčelí uzavřená hranolovou věží krytou jehlancovou stříškou, k níž přiléhala budova fary a farní školy, jak je vidět na dobových vyobrazeních z let 1606–1645. Kostel sv. Mikuláše tvořil protiváhu kostelu Matky Boží před Týnem stojícímu diagonálně přes Staroměstské náměstí. Z původní stavby se dochovalo jen několik stavebních prvků zabudovaných v dnešním sklepení. Za panování krále Václava IV. se stal jedním z husitských, či lépe reformačních, center. Je spojen se jmény Jana Milíče z Kroměříže a Matěje z Janova.
Roku 1635 získali gotickou baziliku montserratští benediktini, mniši přišlí z Emauzského kláštera (Na Slovanech). První přestavba proběhla v letech 1650–1660 pod vedením nejznámějšího českého benediktina Matouše Ferdinanda Sobka z Bílenberka. Ke kostelu přistavěli nejprve kvadraturu kláštera. Mezi lety 1730 a 1739 byl podle návrhu Kiliána Ignáce Dientzenhofera zbudován dnešní kostel a po jeho západní straně budova prelatury.
V roce 1787 za panování císaře Josefa II. byl kostel byl odsvěcen a klášter zrušen. Většina vybavení byla zrekvírována, včetně zvonů. Podle pověsti byl jeden zvon věnován obci Dolany (okres Plzeň-sever). Socha sv. Jana Nepomuckého byla přenesena na most do Přeštic, odkud se zřítila v osmdesátých letech 20. století do řeky. Byla rekonstruována a přenesena do Lapidária Národního muzea.
Obrazy Jana Kryštofa Lišky Sv. Mikuláš žehná lodím (hlavní oltář), Sv. Václav a Sv. Benedikt (boční oltáře), obrazy Jana Bedřicha Hesse Sv. Tomáš a Panna Marie Bolestná i obraz Matěje Zimprechta Poslední soud byly rozdány či rozprodány. V roce 1791 objekt koupila pražská obec a užívala jako skladiště. K bohoslužebnému účelu se kostel vrátil v roce 1871, kdy byl pronajat ruské pravoslavné církvi.
Pravoslavná církevJelikož pravoslavná církev v českých zemích neměla vlastní svatostánek, sloužil kostel v letech 1870–1914 českým, ale především ruským pravoslavným věřícím. Pravoslavným duchovním správcem, a zároveň prvním knězem novodobé pravoslavné církve v českých zemích se stal Nikolaj Nikolajevič Ryžkov. Později byl správcem v Praze působící představený Ruské pravoslavné církve pro západní Evropu, metropolita Jevlogij, jenž učinil vikářem a představeným chrámu pověřeným duchovní správou, nově přišedšího biskupa Sergije a později též jeho pomocníka archimandritu Isaakije.
Poté, co pravoslavná církev získala do užívání své nové kostely Cyrila a Metoděje v Resslově ulici a také chrám Zesnutí přesvaté Bohorodice na Olšanských hřbitovech, byl staroměstský kostel dočasně využíván jako posádkový kostel či skladiště. Prelatura (stavitel Kilián Ignác Dientzenhofer) a klášterní budovy byly zbořeny při asanaci staré Prahy do roku 1908.
11. ledna roku 1920 byla v kostele vyhlášena nová Církev československá husitská, jejímž prvním biskupem se stal dr. Karel Farský. Tuto událost připomíná také pamětní deska v interiéru chrámu. Církev v kostele působí dodnes.
V interiéru kostela stojí za pozornost varhany a nástropní fresky zobrazující životy světců sv. Mikuláše, sv. Benedikta a motivy ze Starého zákona. V letech 1735–1736 je vytvořil bavorský malíř Kosma Damián Assam. Hlavní oltář z umělého mramoru pochází z roku 1737. Štukovou výzdobu kostela provedl Bernardo Spinetti, sochařskou výzdobu vstupního průčelí a interiéru obstaral Antonín Braun.
Hlavní panikadilo (chrámový lustr) tvaru carské koruny se zavěšeným čtyřstranným křišťálovým křížem věnoval roku 1880 místní pravoslavné církvi ruský car Alexandr II. Lustr o hmotnosti 1400 kg pochází z harrachovských skláren.
Kazatelnu z 1. poloviny 18. století daroval kostelu sv. Mikuláše hrabě Lamberg v roce 1916. Původně byla v Kostele Nanebevzetí Panny Marie v Nezamyslicích.
